Bourbon Sarolta Johanna 1775-ben született IV. Károly későbbi spanyol király legidősebb életben maradt gyermekeként. Mivel fiútestvérei közül többen csecsemőkorukban meghaltak, gyermekévei jelentős részében előkelő helyen állt a spanyol trónöröklési sorrendben. Szigorú katolikus nevelést kapott, történelmet, földrajzot és nyelveket oktattak neki, emellett festeni, varrni és lovagolni is megtanult. Művelt és intelligens lánynak tartották, ugyanakkor már fiatalon erős akarat és nyughatatlan természet jellemezte. Mindössze tízéves volt, amikor 1785-ben férjhez adták a tizennyolc éves portugál herceghez, Jánoshoz. A házasságot Sarolta Johanna életkora miatt csak évekkel később teljesítették be, a gyermeket azonban már az esküvő után Lisszabonba küldték, távol a családjától.

A fényűzőbb spanyol királyi udvarból érkező Sarolta Johanna nehezen alkalmazkodott Portugália vallásosabb és jóval visszafogottabb világához. Nyíltan beszélt politikai kérdésekről, feltűnően viselkedett, és nem rejtette véka alá uralkodói ambícióit. Mindez szokatlannak számított egy királyi családból származó nő esetében. Helyzetét tovább nehezítette az erős spanyolellenesség. Az udvari pletykák egyre kegyetlenebbé váltak, támadói pedig rendszeresen a külsejét vették célba. Alacsonynak, himlős arcúnak és görnyedt tartásúnak írták le, feltűnő sasorrát és a Bourbonokra jellemző előreugró állkapcsát is gúnyolták. Laure Junot francia írónő például kifejezetten sértő képet festett róla: rendezetlen hajáról, vékony ajkáról, bajuszáról és szabálytalan fogairól írt. Ezek a leírások legalább annyit elárulnak a korszak nőkkel szembeni kegyetlen elvárásairól, mint Sarolta Johanna valódi megjelenéséről.

Sarolta Johanna és János házassága hamar megromlott. Kilenc gyermekük született, kapcsolatukat azonban a bizalmatlanság, a hűtlenségről szóló pletykák és az egyre mélyülő politikai ellentétek határozták meg. A konfliktus 1805-ben érte el a tetőpontját. Sarolta Johanna megpróbálta férjét alkalmatlannak nyilváníttatni az uralkodásra, majd saját kezébe venni a hatalmat. Az összeesküvés lelepleződött, társait letartóztatták, ő pedig csak azért kerülte el a börtönt, mert János nem akarta nyilvánosságra hozni a családi botrányt. Feleségét vidéki palotákba száműzte, házasságuk pedig gyakorlatilag véget ért. Sarolta Johanna ekkor kapta a sértő „házisárkány” gúnynevet.

Amikor Napóleon csapatai 1807-ben megszállták Portugáliát, a királyi udvar Brazíliába menekült. A következő tizenhárom évet Rio de Janeiróban töltötte. Dél-Amerikában ismét lehetőséget látott arra, hogy saját jogán kerüljön hatalomra. Felmerült, hogy a spanyol gyarmatok egy részének régense legyen, a róla elnevezett politikai mozgalom, a carlotizmus azonban végül megbukott.

Anyósa, I. Mária halála után Bourbon Sarolta Johanna 1816-ban végre Portugália királynéja lett. Az áhított cím azonban nem hozta el számára azt a politikai befolyást, amelyre egész életében vágyott. Miután a királyi család visszatért Portugáliába, fiával, Miguellel szövetkezve ismét megpróbálta félreállítani férjét. A kísérlet kudarcot vallott, Miguelt száműzték, a királyné pedig fokozatosan kiszorult az udvari életből. Férjét annak halálos ágyán sem látogatta meg. János 1826-os halála után Sarolta Johanna politikai jelentősége végleg megszűnt, és még az általa támogatott Miguel sem hívta vissza az udvarba, amikor 1828-ban megszerezte a trónt. Bourbon Sarolta Johanna 1830 januárjában, 54 évesen halt meg a queluzi palotában. Ellenségei csúnya, számító és hataloméhes idegenként emlékeztek rá. Mások intelligens és elszánt nőnek látták, aki nem fogadta el a korabeli királynékra kényszerített passzív szerepet. Egyvalami biztos: az Ibériai-félsziget történetének egyik legmegosztóbb uralkodófelesége maradt.