1565 decemberében egész Firenze ünnepelt: a Habsburg-házból származó Ausztriai Johanna feleségül ment Francesco de' Medicihez, Toszkána későbbi nagyhercegéhez. A pompás esküvő Európa egyik legjelentősebb dinasztikus eseményének számított, ám a ragyogó külsőségek mögött már ekkor egy boldogtalan házasság képe sejlett fel.

Johanna 1547-ben született Prágában, I. Ferdinánd német-római császár lányaként. Édesanyja három nappal a szülés után meghalt, apja pedig államügyei miatt alig tudott foglalkozni gyermekeivel, így Johannát kolostorban nevelték. 

A Medici- és a Habsburg-család szövetsége mindkét fél számára fontos volt, így hosszú évek tárgyalásai után Johanna 18 évesen Firenzébe utazott, hogy feleségül menjen Francesco de' Medicihez. A város fényűző ünnepségekkel fogadta az ifjú hercegnőt, ám házasságuk szinte az első pillanattól kezdve kudarcra volt ítélve.

Francesco állítólag sosem vonzódott feleségéhez, akit testi deformitásai miatt csúfoltak az udvarban. A gerincferdüléssel élő Johanna egész életében komoly fájdalmakkal küzdött, férje pedig nem is próbálta titkolni megvetését.

A házaspárnak nyolc gyermeke született, de közülük csak kevesen érték meg a felnőttkort. A legjelentősebb közülük Mária de' Medici volt, aki később IV. Henrik francia király feleségeként Franciaország királynéja lett, rajta keresztül pedig Johanna számos későbbi európai uralkodó őse lett. Az ismétlődő terhességek azonban rendkívül megviselték Johanna egészségét, a korabeli feljegyzések arról írnak, hogy minden szülés tovább rontotta amúgy is törékeny fizikai állapotát.

A helyzetet tovább súlyosbította Francesco nyílt viszonya szeretőjével, Bianca Cappellóval. Bár az uralkodók szeretői akkoriban nem számítottak ritkaságnak, Francesco szokatlan nyíltsággal vállalta kapcsolatát: Bianca fényűző lakosztályt kapott a nagyhercegi palota közvetlen közelében, ami óriási botrányt kavart. Johannának nap mint nap végig kellett néznie férje és szeretője kapcsolatát, ami tovább mélyítette az egyébként is feszült házasságot.

1578-ban Johanna nyolcadik gyermekével volt várandós, amikor lezuhant egy firenzei palota lépcsőjén. A baleset koraszülést idézett elő, a csecsemő nem élte túl, Johanna pedig másnap, mindössze 31 évesen belehalt sérüléseibe. Halála után azonnal elterjedtek a pletykák, hogy valójában nem baleset okozta a halálát, sokan Francesco és Bianca összeesküvését emlegették, mások mérgezést sejtettek a háttérben. A történészek többsége azonban úgy véli, hogy Johanna súlyos gerincbetegsége és rossz fizikai állapota is közrejátszhatott a végzetes esésben. A gyanút tovább erősítette, hogy Francesco néhány hónappal később feleségül vette Bianca Cappellót, akit Toszkána új nagyhercegnéjévé tett.

Johanna egyetlen életben maradt fia néhány évvel később meghalt, majd 1587-ben Francesco és Bianca is szinte egyszerre vesztette életét. Haláluk körülményeit máig rejtély övezi: egyes feltételezések szerint megmérgezték őket, más kutatók szerint malária okozhatta halálukat.